К 25-летнему юбилею Deus Ex геймдиректор Уоррен Спектор рассказал, что изначально тайтл мог развиваться в совершенно ином направлении. В интервью изданию PC Gamer он поделился подробностями раннего этапа разработки, когда под рабочим названием Troubleshooter проект не получал должной поддержки от издателя. Спектор предлагал идею новой игры студии Origin Systems, где работал в 1990-х, но её восприняли с недоверием. Главным героем должен был стать спецагент по имени Джейк Шутер, выполняющий сложные миссии по вызову правительственных структур. Однако концепция, объединяющая элементы RPG, шутера и стелса, тогда казалась слишком рискованной.
В какой-то момент Спектор столкнулся с настолько серьёзными трудностями при поиске финансирования, что почти заключил сделку с Westwood Studios — разработчиком Command & Conquer. По его словам, он был готов встроить механику своей игры во вселенную C&C, лишь бы довести проект до релиза. Идея заключалась в том, чтобы сохранить свободу выбора, смешение жанров и другие ключевые элементы Troubleshooter, но адаптировать их под узнаваемую научно-фантастическую обёртку. Отчаяние Спектора дошло до того, что он почти отказался от оригинальной концепции ради реализации хотя бы части задуманного.
Ситуацию изменили встреча с Джоном Ромеро и предложение от студии Ion Storm. Именно эта компания предоставила Спектору необходимый бюджет и полную творческую свободу. В результате проект избежал участи стать спин-оффом Command & Conquer и трансформировался в Deus Ex.
